A Federação Nacional de Associações de Estudantes do Ensino Superior Politécnico (FNAEESP) criticou a criação da Universidade de Bragança e do Norte Interior por ter ocorrido sem qualquer auscultação do setor do ensino superior. A federação salientou que não foram consultados o Conselho Coordenador do Ensino Superior, o Conselho Coordenador dos Institutos Superiores Politécnicos, o Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas, nem as estruturas representativas dos estudantes sobre esta transformação institucional.
A ausência de participação efetiva em decisões desta natureza contraria o princípio da participação institucional. Preocupa especialmente à federação o anúncio vindo no seguimento imediato da transformação do Instituto Politécnico de Bragança em Universidade Politécnica a 31 de julho, que segundo a organização revela ausência de estratégia de médio e longo prazo para o sistema de ensino superior português e envia sinais de profunda incerteza sobre o futuro da região.
A Universidade Politécnica de Bragança integra seis escolas: a Escola de Saúde, a Escola de Educação, a Escola Agrária e a Escola de Tecnologia e Gestão, localizadas em Bragança, a Escola de Comunicação, em Mirandela, e a Escola de Hotelaria e Bem-estar, em Chaves. A instituição acolhe cerca de 10 mil estudantes, dos quais 30% são estrangeiros.
A federação reclama que qualquer decisão sobre a arquitetura do sistema de ensino superior deve ser tomada com base em critérios claros, transparência e consulta efetiva de todos os agentes do setor.
Apesar da crítica da federação, a criação da universidade tem recebido elogios das estruturas políticas locais, designadamente dos presidentes das câmaras de Bragança e Mirandela, dos municípios integrados na Associação de Municípios do Baixo Sabor e da Comunidade Intermunicipal de Terras de Trás-os-Montes, que a consideram uma oportunidade para o desenvolvimento e capacitação da região.